Lãnh thổ Dakota không trực tiếp dính líu vào Nội chiến Hoa Kỳ nhưng có tuyển mộ một số binh sĩ để bảo vệ các khu định cư sau Chiến tranh Dakota 1862. Chính cuộc chiến tranh này đã gây ra sự thù địch với các bộ lạc Sioux trong Lãnh thổ Dakota. Quân khu Tây Bắc đã phái quân viễn chinh vào Lãnh thổ Dakota trong các năm 1863, 1864 và 1865. Quân khu cũng thiết lập các binh trại trong Lãnh thổ Dakota để bảo vệ các khu định cư biên cương của Lãnh thổ Dakota, Iowa và Minnesota và lưu thông dọc theo sông Missouri.